La presencia de las tropas portuguesas en Colonia del Sacramento, trajo aparejado desde el proceso fundacional en 1680 la presencia de los padres jesuitas y franciscanos, quienes la ausencia de autoridades inquisitorias, podían llevar adelante autos de fe, acusando a aquellos herejes que se alejaran del dogma cristiano.
Los cargos de los tribunales inquisitorios se podían comprar, con lo que la persona que ostentara un título inquisitorio pasaba a ser dentro de la sociedad colonial, alguien no solo de prestigio, sino una persona de temer y poseedor de gran poder civil y religioso
Dentro de los cargos otorgados por la Iglesia en el orden de la inquisición portuguesa para Colonia del Sacramento, se otorgaron Patentes de Familiares del Santo Oficio y Patentes de Comisarios de la Inquisición.
La primera patente otorgada fue designada a Joao Da Costa Quintao en el año 1738. El mismo se desempeñaba como Almoxarife de la Fazenda Real (recaudador oficial de la corona portuguesa).
Durante mucho tiempo los cargos de Inquisidor fueron ocupados por ciudadanos de la Colonia del Sacramento, los cuáles, luego de un acto de revisión genealógica, debían demostrar que no tenían raíces juideizantes en su sangre. Luego de constatarse la limpieza de sangre, le eran adjudicados los cargos por compra del título.
En Colonia del Sacramento existieron varios acusados por el Santo Oficio, tanto hombres como mujeres, siendo las causas más comunes el ser judaizante, el blasfemar contra Dios, por bigamia y por delitos sexuales.
Nadie escapaba de las garras de la Inquisición, ya que el año 1773 el Gobernador de la plaza de Colonia del Sacramento, Pedro José Soares de Figueiredo, fue acusado por el inquisidor padre Joaquim de Almeida Cardoso, por el delito de irreligiosidad, por no concurrir a misa desde hacía dos años, no confesarse, faltar el respeto al Santísimo Sacramento, en cuya presencia no se arrodillaba y se mantenía de piernas cruzadas.
La temida Inquisición también fue parte de la historia de esta plaza fuerte.
